Fisher 确切概率法不属于卡方检验的范畴，但它是一种更加稳健的统计方法，常作为卡方检验应用的补充。传统上认为 n<40 或 T≤1 时才使用 Fisher 确切概率法，是因为 Fisher 确切概率法手工运算难度大，难以对样本量大的数据进行运算，不如使用结果相似且运算极为简便的卡方检验。目前 Fisher 确切概率的运算可使用统计软件来进行，因此当卡方检验结果在检验水准 α 附近时，应考虑使用 Fisher 确切概率法，卡方检验结果与 Fisher 确切概率法结果不一致时，应优先考虑 Fisher 确切概率法的结果。

则调整后检验水准偏低，二类错误发生概率会提高，结论偏于保守。 另外，可以选用 Holm-Bonferroni 法（Holm–Bonferroni method）或 Sidak 校正（Sidak correction）来进行两两比较，它们在一定程度上解决了 Bonferroni 法偏于保守的问题，但在运算上较为复杂，可以查阅相关资料来学习。