stat:rnaseq

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--- stat:rnaseq [2023/06/26 15:15] – [2 Alignment] inkit
+++ stat:rnaseq [2024/04/04 23:32] (当前版本) – [教程] inkit
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 ====== RNA-Seq ======
 ====教程====
+  * 向SRA提交数据 [[stat:rnaseq:srasubmit]]
   * 知乎搜索 https://www.zhihu.com/search?q=rnaseq%20fastq%20star&type=content
   * RNA-Seq数据标准化方法 https://zhuanlan.zhihu.com/p/37196518
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  *  [[https://notebook.community/ssjunnebo/pathogen-informatics-training/Notebooks/RNA-Seq/genome-mapping]]
+<code>
+hisat2-build -p 32 fasta/Rattus_norvegicus.mRatBN7.2.dna.toplevel.fa hisat_index
+hisat2 -x hisat_index/hisat_index -1 I409/I409_1.fq.gz -2 I409/I409_2.fq.gz -S I409.sam -p 32
+</code>
 ===STAR===
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 >>1 [[https://subread.sourceforge.net/]]
 >>>featureCounts [[https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/docs/featureCounts.html]]
+<code>
+featureCounts -p -M -O -T 32 -a gtf/Rattus_norvegicus.mRatBN7.2.109.gtf -o output.txt data.sam [bam]
+</code>

stat/rnaseq.1687792541.txt.gz · 最后更改: 2023/06/26 15:15 由 inkit