这是本文档旧的修订版!
https://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___GeneExpressionWorkflow
Raw Data: Fastq (.gz) →
apt install fastqc fastqc --noextract RawData/I409/I409_1.fq.gz -o results/1_initial_qc/
2.7.10b
apt install rna-star # 创建索引,索引文件创建一次即可. 需要从Ensembl下载对应物种的Fasta文件和GTF文件。 STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir star_index --genomeFastaFiles fasta/* --sjdbGTFfile gtf/* --runThreadN 14 # 运行分析 STAR --genomeDir star_index --readFilesIn filtered/sample_filtered.fq --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --quantMode GeneCounts --runThreadN 14 STAR --genomeDir star_index --readFilesIn rna4/RawData/I409/I409_1.fq --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --quantMode GeneCounts --runThreadN 14