stat:rnaseq
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| stat:rnaseq [2023/06/26 14:55] – [2 Alignment] inkit | stat:rnaseq [2024/10/21 13:14] (当前版本) – [rMATS] inkit | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| ====== RNA-Seq ====== | ====== RNA-Seq ====== | ||
| ====教程==== | ====教程==== | ||
| + | * 向SRA提交数据 [[stat: | ||
| * 知乎搜索 https:// | * 知乎搜索 https:// | ||
| * RNA-Seq数据标准化方法 https:// | * RNA-Seq数据标准化方法 https:// | ||
| 行 46: | 行 47: | ||
| * STAR | * STAR | ||
| * HISAT2 | * HISAT2 | ||
| + | * Salmon [[https:// | ||
| ===HISAT2=== | ===HISAT2=== | ||
| [[https:// | [[https:// | ||
| + | | ||
| + | < | ||
| + | hisat2-build -p 32 fasta/ | ||
| + | hisat2 -x hisat_index/ | ||
| + | </ | ||
| ===STAR=== | ===STAR=== | ||
| 行 68: | 行 75: | ||
| </ | </ | ||
| + | === kallisto | ||
| + | < | ||
| + | # bat | ||
| + | kallisto bus [arguments] FASTQ-files | ||
| + | |||
| + | kallisto quant -i rattus_index_ki/ | ||
| + | |||
| + | </ | ||
| ====3 Count ==== | ====3 Count ==== | ||
| > | > | ||
| >>1 [[https:// | >>1 [[https:// | ||
| >>> | >>> | ||
| + | < | ||
| + | featureCounts -p -M -O -T 32 -a gtf/ | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| + | ===== Splicing ===== | ||
| + | ====rMATS==== | ||
| + | ===剪接事件=== | ||
| + | * SE（Skipped Exon，外显子跳跃） | ||
| + | * MXE（Mutually Exclusive Exons，相互排斥的外显子） | ||
| + | * A5SS（Alternative 5' Splice Site，可变 5' 剪接位点） | ||
| + | * A3SS（Alternative 3' Splice Site，可变 3' 剪接位点） | ||
| + | * RI（Retained Intron，内含子保留） | ||
| + | SE (Skipped Exon), MXE (Mutually Exclusive Exons), A5SS (Alternative 5' Splice Site), A3SS (Alternative 3' Splice Site), RI (Retained Intron) | ||
| + | ===计数方法=== | ||
| + | * JC（Junction Counts）：仅使用跨越剪接点的 reads 进行定量分析。提供更为精准的剪接定量，但可能会漏掉一些低覆盖的剪接事件。 | ||
| + | * JCEC（Junction Counts and Exon Counts）：使用跨越剪接点和覆盖整个外显子的 reads 进行定量分析。能检测更多事件，但有时可能会引入额外的噪音。 | ||
| + | 如果需要更精准的剪接事件识别，建议使用 JC。如果希望尽可能多地检测到所有的剪接事件，可以考虑 JCEC。 | ||
| + | ===txt=== | ||
| + | < | ||
| + | ID：剪接事件的唯一标识符。 | ||
| + | GeneID：发生剪接事件的基因的标识符（基因名称或基因 ID）。 | ||
| + | chr：发生剪接事件的染色体位置。 | ||
| + | strand：基因的链信息（正链或负链）。 | ||
| + | longExonStart_0base 和 longExonEnd：选择的较长外显子的起始和终止位置。 | ||
| + | shortES 和 shortEE：选择的较短外显子的起始和终止位置。 | ||
| + | flankingES 和 flankingEE：两侧剪接外显子的位置。 | ||
| + | ID：剪接事件的 ID 编号。 | ||
| + | IncFormLen 和 SkipFormLen：包含和跳过该外显子的转录本的长度。 | ||
| + | ICJ 和 SCJ（Inclusion Junction Counts / Skipping Junction Counts）：代表包含和跳过该剪接事件的 reads 数目。 | ||
| + | IncLevel1 / IncLevel2：代表在两组样本中该剪接事件的包含水平（Ψ值）。 | ||
| + | IncLevelDiff：两组样本间的剪接差异值（ΔΨ，Inclusion Level Difference）。 | ||
| + | PValue 和 FDR：用于判断剪接事件是否显著差异的 P 值和 FDR（假发现率）。 | ||
| + | </ | ||
stat/rnaseq.1687791325.txt.gz · 最后更改: 2023/06/26 14:55 由 inkit
